自然流產的原因綜合有11項
1、遺傳基因有缺陷
準媽媽和準爸爸如果有染色體的變異都會遺傳給寶寶，基因突變成為自然流產的最主要的元兇。
最明顯的是頭3個月內的流產，一半是由于胚胎的染色體異常造成的。包括：數目異常：多見三體、X單體、三倍體等；結構異常：多為染色體斷裂、倒置、缺失或易位。流產成為染色體異常胚胎的多數結局，只有極少數的可能繼續發育成胎寶寶，但出生后也會發生畸形或有功能缺陷。
2、準媽媽和胎寶寶的血型不合
如果準媽媽曾輸過血，或在妊娠過程中產生和血型不合的致凝因子，就會使胎寶寶發生凝集和溶血，從而引起流產。
準媽媽和胎寶寶的血型不合主要有兩種：Rh型母兒血型不合：當母親的血型為Rh陰性，胎寶寶為Rh陽性時，一旦胎寶寶血液進入母親體內，母親因Rh抗原致敏產生抗體，此抗體經胎盤進入胎寶寶血液引起溶血，可造成胎寶寶黃疸、貧血、肝脾腫大和心衰竭等。
ABO型血型不合，當準媽媽為O型血，胎寶寶為A型或B型血時，準媽媽體內可產生抗A或抗B抗體，隨血液進入胎寶寶體內就可產生溶血。最好去醫院診斷后選擇用中藥治療。
3、全身性疾病
準媽媽若患有流感、傷寒、肺炎等急性傳染病，細菌毒素或病毒（如單純皰疹病毒、巨細胞病毒等）通過胎盤進入胎寶寶體內，使胎寶寶停止發育導致流產。
高熱可引起子宮收縮而導致流產。準媽媽如患有重度貧血、心力衰竭、慢性腎炎或高血壓等慢性病，會因胎盤梗塞及子宮內缺氧而使胎寶寶畸形，從而導致流產。還有一些情況并不常見，如準媽媽患有嚴重疾病的時候，引發嚴重的營養不良，有可能使胚胎無法持續發育，最終導致流產。
4、子宮畸形
準媽媽若是子宮畸形（如雙角子宮、子宮縱隔及子宮發育不良等）均會影響胚胎著床和發育不良而導致流產；子宮內口松馳或宮頸深度裂傷都會引起胎膜早破而發生晚期流產。
初次孕檢特別重要，因為通常在初次孕檢中，利用婦科窺器檢查，就可以了解準媽媽陰道、宮頸情況，排除準媽媽生殖器官發育異常的可能。如果查出有異常，準媽媽就應該遵循醫囑，及早處理。否則如果被動流產，對準媽媽的身體損傷會更大。
5、內分泌異常
胎寶寶主要通過胎盤吸收母體的營養物質，如果胎盤發育不良或出現疾病，胎寶寶就會因得不到營養物質而停止生長引起流產。
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