禽流感患者多數輕癥病例預后良好，無后遺癥。有些病例病情發展迅速，出現重癥肺炎、急性呼吸困難綜合征、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多器官功能衰竭、敗血癥、休克和Reye綜合征等多種并發癥，可致死。常見并發癥包括:
原發性病毒性肺炎:多見于原心肺病患者，肺病變主要是漿液性出血性支氣管炎，患者多死于心力衰竭和周圍循環衰竭。
繼發性細菌性肺炎:最常見的病原菌是肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌和流感嗜血桿菌，患者病情逐漸惡化，或者暫時改善后臨床癥狀進一步惡化，咳嗽、咳嗽、膿痰，肺部實變體征出現，x線發現肺部有片狀和斑片狀影。
心肌炎:據報道，流感病毒性肺炎可以并發心肌炎。
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